A市水天公司与B市龙江公司签订一份运输合同,并约定如发生争议提交A市的C仲裁委员会仲裁。后因水天公司未按约支付运费,龙江公司向C仲裁委员会申请仲裁。在第一次开庭时,水天公司未出庭参加仲裁审理,而是在开庭审理后的第二天向A市中级人民法院申请确认仲裁协议无效。C仲裁委员会应当如何处理本案?